产品介绍

DNA甲基化是指在DNA甲基化转移酶的作用下，在基因组CpG二核苷酸的胞嘧啶5'碳位共价键结合一个甲基基团。850K甲基化芯片包含>850,000个CpGs位点信息，分布于增强子、基因编码区、启动子区和 CpG 岛。相比较于全基因组甲基化检测，该芯片周期短、价格低，并可以接受 FFPE 样本。


适用范围

DNA甲基化图谱制作、疾病关联分析、基因调控分析、疾病的甲基化标志物筛选。


样本要求

常规1.5 μg，最低仅需500 ng



产品流程



分析内容

标准分析
  1. 所有位点基化水平分析；
  2. 甲基化C碱基分布分析；
  3. 甲基化水平分布。
高级分析
  1. 差异甲基化区域DMR检测；
  2. DMR相关基因的GO和KEGG分析；
  3. 其他组学关联分析。


产品介绍

ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with highthroughput sequencing），基于高通量测序的染色质可及性研究。在核小体连接致密的地方，转座酶不能进入，而松散的区域，转座酶能够进入并切割下暴露的DNA区域，并同时连接上特异性的接头，有接头的DNA片段被分离出来，用于高通量测序。因此，ATAC-seq可以得到全基因度范围上处于开放状态的染色质区域，并且通过分析染色质开放区域的序列特征（motif），可以获得潜在的活跃转录因子结合区域及其靶基因。


适用范围

适用于从表观角度研究调控机制的方向、开放染色质图谱、核小体定位、转录因子结合位点分析、预测疾病分子标志物、疾病发病机制。


样本要求

组织样本>100 mg/样本 细胞样本>5x105/样本



产品流程



分析内容

标准分析
  1. 数据质控与评估；
  2. 参考比对分析；
  3. Peak分析：Peak 鉴定、Peak特征分析；
  4. Peak功能注释：Peak 相关基因分析、Peak在基因功能元件上的分布、Peak相关基因的GO/Pathway功能富集分析；
  5. Peak序列motif分析：转录因子结合序列特征分析；
  6. 多样品间的差异peak分析。
个性化分析
  1. 与转录组数据联合分析；
  2. 根据客户的目的设计分析内容。


产品介绍

WGBS（Whole Genome Bisulfite Sequencing）全基因组甲基化测序，是将基因组DNA进行Bisulfite（亚硫酸盐）处理后构建测序文库，并进行二代高通量测序的技术，通过分析获得全基因范围上的甲基化碱基修饰信息。


适用范围

全基因组甲基化图谱构建、基因表观调控研究。


样本要求

样品类型：组织样本（>50mg）或者DNA 样品；

样品需求量：DNA总量≥1ug，浓度≥50ng/μL；

样品完整性：DNA 无明显降解，需提供凝胶电泳检测胶图。



产品流程



分析内容

标准分析
  1. 数据质控与评估；
  2. 参考比对分析；
  3. 甲基化C位点calling；
  4. 甲基化位点分布分析；
  5. 组间差异甲基化区域分析（DMR），DMR区域基因功能富集分析。
个性化分析
  1. 全基因组甲基化图谱绘制；
  2. 局部区域甲基化修饰IGV图绘制；
  3. 根据客户的目的设计分析内容。