产品介绍

转录组是指某个物种特定细胞或组织在某一状态下所转录产生的所有转录本的集合。转录组测序采用高通量测序平台,对特定组织或细胞在某一功能状态下转录的所有mRNA进行测序,并通过与参考基因组比对,对所有表达的基因进行定性和定量分析,获得组织/细胞在不同条件下的差异基因基因集,为筛选药物作用靶点以及机理研究提供分子依据。


适用范围

已广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等领域。


样本要求

样品类型 样品需求量 样品浓度 样品纯度
组织 ≥0.5g 冰冻寄送到公司后,公司安排提取
RNA ≥1μg ≥100 ng/μL RIN ≥8, 无降解或者轻微降解、无DNA污染


产品流程



分析内容

标准分析
  1. 基因结构水平
    1. 与参考基因组比对;
    2. 新转录本预测;
    3. 可变剪切分析;
    4. SNP分析;
    5. InDel分析。
  2. 基因表达水平
    1. 基因表达水平分析;
    2. 差异基因分析;
    3. GO/KEGG富集分析;
    4. 蛋白互作网络分析;
    5. 转录因子注释。
  3. 基于基因功能和表型的筛选
    1. 候选基因功能富集分析;
    2. 候选基因通路富集分析;
    3. 候选基因与疾病相关性排序。


产品介绍

长链非编码RNA(long noncoding RNA, lncRNA)是一类长度超过200 nt、不编码蛋白的RNA。通过与DNA、RNA或蛋白质结合,在表观遗传、转录及转录后等水平调控基因表达。 通过去核糖体链特异性建库方法,采用Illumina测序平台进行测序,并结合生物信息学的预测工具进行lncRNA分析。


适用范围

疾病发生、机制研究。


样本要求

样本类型 样品需求量 样品浓度 样品纯度
组织 ≥0.5g 冰冻寄送到公司后,公司安排提取
RNA ≥2μg >100ng/μl RIN ≥8,无降解或者轻微降解、无DNA污染


产品流程



分析内容

标准分析
  1. lncRNA分析
    1. lncRNA定性定量分析;
    2. lncRNA编码潜能分析;
    3. lncRNA描述性统计;
    4. lncRNA靶基因预测;
    5. lncRNA保守性分析;
    6. ORF长度分析及exon个数分析;
    7. 差异表达分析。
  2. mRNA分析
    1. 基因定性和定量分析;
    2. 差异基因分析;
    3. 差异基因富集分析;
    4. 差异基因GSEA分析;
    5. SNP/InDel分析。
高级分析
  1. 差异表达lncRNA的靶基因与差异表达mRNA取交集
  2. lncRNA-mRNA 共表达网络构建


产品介绍

Small RNA(sRNA)在细胞内具有多种重要的调节作用,是指长度在18-30bp的内源性小片段RNA,sRNA可分为三类:miRNA,siRNA和与piRNA。Small RNA(sRNA)测序采用Illumina测序平台,通过深度的测序,可以鉴定已知sRNA、预测新的sRNA,通过多样本的sRNA分析,还可以寻找差异sRNA并预测sRNA的靶基因。


适用范围

疾病的发生发展、疾病诊断标志物。


样本要求

细胞,组织,全血,总RNA等;

建议总RNA起始量:10 μg,最低5 μg,人/大鼠/小鼠样品可低至1ug,浓度≥200 ng/μL(人/大鼠/小鼠样品可低至≥50ng/ul)。



产品流程



分析内容

标准分析
  1. 参考序列比对,分析测序reads比对率和覆盖度;
  2. 筛选并鉴定鉴定已知的和新的sRNA;
  3. small RNA碱基编辑分析;
  4. 差异表达分析;
  5. 靶基因预测;
  6. 靶基因GO、KEGG富集;


产品介绍

Affymetrix Clariom D是一款全转录组芯片,包括mRNA、lncRNA、circRNA和miRNA四个层面的信息,可对血液、石蜡组织等降解样本,以及低至100pgRNA的微量样品进行全转录组RNA检测,充分挖掘样本信息。


适用范围

只做人的样本。

血液、外泌体、石蜡组织等样本量少且可能降解的样本。



产品流程



分析内容

标准分析
  1. 数据质控与评估;
  2. RNA定量分析;
  3. RNA组间差异分析;
  4. 差异基因KO/GO功能富集分析。
高级分析
  1. 两组学关联分析
    1. LncRNA-mRNA关联分析;
    2. miRNA-mRNA关联分;
    3. miRNA-mRNA关联分析。
  2. ceRNA关联分析。


产品介绍

全转录组是指样本中能转录出来的所有类型RNA的总和,包括mRNA和非编码RNA(miRNA、lncRNA、环状RNA),通过两种建库手段,一次性获得样本中全部的RNA。通过全转录组测序可以进行ceRNA研究,筛选多种靶标分子,多角度挖掘功能机制,构建多分子靶向调控网络。


适用范围

基因转录后调控研究、基因沉默研究。


样本要求

lncRNA建库:建议总RNA起始量(单次)≥ 2μ g,浓度≥ 20 ng/μ L (原则上越多越好);

miRNA建库:建议总RNA起始量:10 μg,最低5 μg,人/大鼠/小鼠样品可低至1ug,浓度≥ 200 ng/μ L(人/大鼠/小鼠样品可低至≥ 50ng/ul)。



产品流程



分析内容

标准分析
  1. lncRNA流程分析;
  2. miRNA流程分析;
  3. circRNA流程分析。
高级分析
  1. 两组学关联分析;
  2. ceRNA分析;
  3. WGCNA;
  4. 转录因子分析;
  5. GSEA分析;
  6. STEM分析;
  7. iPath分析;
  8. 免疫相关因子分析;
  9. 个性化circos图绘制;
  10. 高级热图绘制;
  11. 富集圈图。